Sefydlwyd CWVYS yn wreiddiol ym 1974 gan Gynhadledd Sefydlog Cyrff Ieuenctid Gwirfoddol Cymru, a sefydlwyd ym 1947.
Cafodd ei ariannu’n graidd gan y Swyddfa Gymreig ac roedd ganddo ei swyddfeydd a’i staff ei hun tan 1992 pan sefydlwyd Cyngor Ieuenctid Cymru (CIC).
Yna ymgymerwyd â rhaglen waith CWVYS gan y CIC trwy gytundeb lefel gwasanaeth. Yn 2001, ar ôl datganoli, cychwynnodd CWVYS ar adolygiad o’i gynlluniau strategol ar gyfer y dyfodol, mewn ymateb i’r amgylchedd polisi newidiol yng Nghymru.
Yn dilyn trafodaethau gyda Thîm Polisi Ieuenctid Llywodraeth Cynulliad Cymru (LlCC) fel yr oedd ar y pryd, penderfynwyd rhoi arian craidd i CWVYS i gyflogi Prif Weithredwr i’w wneud yn fwy annibynnol, tra’n dal i ddibynnu ar y CIC am ofod swyddfa a gweinyddiaeth.
Gyda’r WYA yn cau ar ddiwedd 2005, mae CWVYS bellach yn gwbl annibynnol unwaith eto gyda’i staff swyddfa a gweinyddol ei hun ym Mae Caerdydd.